مطالعه مکانیزم مولکولی جدایش پیوند پی سلکتین/psgl-۱ تحت کشش با استفاده از روش دینامیک مولکولی
Authors
abstract
روش دینامیک مولکولی یک روش شبیه سازی کامپیوتری است که با حل معادلات حرکت کلاسیک به مطالعه حرکت فیزیکی اتم ها و مولکول ها در یک سیستم n ذره ای می پردازد. در این تحقیق از روش مذکور جهت بررسی تغییر ساختاری یکی از پیوندهای حیاتی در بدن استفاده شده است. این پیوند مابین گیرنده های موجود بر سطح سلولهای دیواره عروقی (اندوتلیال) به نام پی سلکتین و لیگاند های متناظر آنها (psgl-1) که بر سطح لکوسیت (سلول سفید خون) توزیع گشته اند، ایجاد می شود. یکی از فاکتورهای واسط در فرایند مهاجرت لکوسیت ها به سمت بافت عفونی، که با غلتش این سلول ها روی سلول های اندوتلیال آغاز می شود، تشکیل و شکست متوالی این پیوند می باشد. شناخت مکانیزم جدایش این پیوند در بستر مولکولی در دریافت پاسخ های درمانی اهمیت دارد. بدین منظور جدایش این پیوند تحت کشش به روش دینامیک مولکولی و با استفاده از کد نمد شبیه سازی و نتایج خروجی با استفاده از نرم افزار گرافیکی وی ام دی تحلیل شد. نتایج حاکی از این است که یون کلسیم اهمیت بالایی در بقای پیوند دارد. همچنین با مطالعه مکانیزم شکست باقیمانده های مرزی، مشاهده می شود که پیوند های هیدروژنی ما بین یون کلسیم و باقیمانده فوکوز از گروه قندی و همچنین پیوند های بین باقیمانده های تایروسین سولفاته شده و باقیمانده های مجاور آنها، دارای بیشترین میزان انرژی ناپیوندی هستند. به همین علت با تأخیر نسبت به بقیه پیوندها می شکنند که نشان از اهمیت این باقیمانده ها در پیوند مذکور دارد.
similar resources
بررسی فرآیند ذوب پریلین با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
Melting process of perylene is investigated using molecular dynamics simulation. Some of thermodynamic properties such as potential energy and transition order parameter are calculated as a function of temperature in the range of 500 K-600 K. These calculations are performed by two different methods in NPT and NVT ensembles. The selected interaction potential is Re-squared and the simulations a...
full textمطالعه خواص مکانیکی پروتئین اکتین تحت بارگذاری کششی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی
اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...
full textشبیه سازی خواص الاستیک نانو کامپوزیت Al-SiC با استفاده از روش دینامیک مولکولی
In the present work, molecular dynamics simulation method was used for determining Young's modulus, Shear modulus and Poisson’s ratio of Al-SiC nanocomposites, with different volume fractions of the reinforcements. For simulation, the open source package, LAMMPS, was used. After putting Aluminum and Silicon Carbide atoms in their initial positions, interatomic potentials between them were defi...
full textمحاسبه ی کشش سطحی گاز- مایع با روش دینامیک مولکولی
در این پروژه، با استفاده از شبیه سازی مولکولی به روش دینامیک مولکولی، کشش سطحی گاز (متان)- مایع (آب) در دمای k293 و فشارهای بین atm 53-10 محاسبه شده است. تعداد 715 مولکول آب و 100 مولکول متان در نظر گرفته شده است. در تمام شبیه سازی های مولکولی مهمترین قسمت شبیه سازی محاسبه ی انواع بر هم کنش ها است که در این میان محاسبه ی بر هم کنش های الکترواستاتیک از همه دشوارتر است. متداول ترین روشی که برای م...
مطالعه ارتعاش آزاد طولی نانولوله های کربنی مارپیچی تک جداره با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی
در این مقاله ارتعاش آزاد طولی نانولوله های کربنی مارپیچی تک جداره برای شرایط مرزی مختلف با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. تاکنون با بهره‌گیری از این روش، رفتار ارتعاشی طولی این شکل از نانولوله ها مورد مطالعه قرار نگرفته بود لذا در پژوهش حاضر با استفاده از روش مذکور فرکانس اصلی مربوط به ارتعاشات طولی نانولوله های کربنی مارپیچی تحت پتانسیل رِبو و بدون در نظر گرفتن اثر گرم...
full textشبیه‌سازی تجزیه RDX از طریق برهم کنش با موج شوک با استفاده از دینامیک مولکولی
Cylotrimethylenetrinitramine (RDX), with the chemical formula C3H6N6O6, is an energetic organic molecule used widely in commodities of explosives. Its partial stimulation results in decomposition reaction at very high rate. Molecular dynamic technique and LAMMPS code with ReaxFF-lg were employed to simulate initiation of RDX. Potential energy variations of the system were calculated for five di...
full textMy Resources
Save resource for easier access later
Journal title:
مهندسی مکانیک مدرسجلد ۱۶، شماره ۶، صفحات ۶۳-۷۰
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023